这一时期是泰西抗日根据地对敌斗争最艰苦的阶段。1941年夏，日伪军纠集大批兵力对泰西抗日根据地发动了两个多月的"围剿"，大片根据地变为敌占区或游击区。泰西地委、专署、军分区被迫转移到黄河以西活动。进入1942年，形势更加恶化，斗争极为残酷。地委根据上级一系列指示紧紧依靠人民群众，充分发挥党组织的战斗堡垒作用，转变斗争策略、方法，开展隐蔽斗争。1942年底，根据上级关于"精兵简政"的指示，泰西与运东合并为泰运地区。军分区一团打回泰西，形势开始好转。

泰西地委党的活动分子代表大会在平阿山区罗圈崖村召开。地委书记袁振作了重要讲话，指出：敌人决不会坐视泰西抗日根据地的形成与发展。从全国形势看，日本侵略者把主要矛头指向抗日根据地，国民党反动派制造了震惊中外的"皖南事变"，我们要声讨国民党破坏抗战、制造分裂的罪行，誓作新四军的后盾。以后的斗争将更加严酷，全体共产党员、干部、革命军人、人民群众，要为捍卫泰西抗日根据地而英勇斗争。

会议期间，地委为地区总动委会副主任刘仲羽召开了追悼会。刘仲羽，东平县人，1914年生，1937年12月经万里介绍加入中国共产党，1938年12月任东平县委书记，1940年4月调任泰西地区总动委会副主任。1940年9月18日，刘仲羽到东平县三区西豆山村，参加东平县政府召开的纪念"九·一八"事变大会，会后夜宿清水潭村。次日凌晨，东平伪三区区长焦元绅率队包围了该村，刘仲羽不幸被捕。

在东平县城敌监狱，刘仲羽面对日伪军严刑拷打坚贞不屈，痛斥卖国贼汉奸的劝降，大义凛然，在监狱墙壁上书写道："铁锁难锁革命志，愿将热血献人民，皮鞭棍棒何所惧，誓把地狱翻转身"，表现了一个共产党员的英雄气概。1941年1月2日，敌人将刘仲羽杀害于北门外刑场。在追悼会上，袁振致悼词，号召全区党员、干部，要以刘仲羽为榜样，为驱逐日本侵略军而奋战，以战斗的胜利，悼念刘仲羽。

地委罗圈崖会议后，各县认真进行了贯彻，东平县委在西柿子园村召开县、区、乡、村代表会议，传达贯彻地委会议格神，同时为刘仲羽及一起牺牲的三区区长李耀珍等召开了追悼会。肥城县委在黄土岭村召开党政军干部会议，研究了加强党组织和干部队伍建设问题，号召学习刘仲羽的英雄事迹，教育党员、干部要有民族气节，要经得起考验。泰安（西）县委在道朗北山白马寺召开了部分县、区干部、武装人员誓师大会，决心以刘仲羽为榜样，坚决同敌人斗争到底。

会后派独立营连长任建宝任夏张伪镇长，共产党员于烈辰任伪自卫团长，派共产党员李锡贵、王海云分别任南白楼、西牛乡乡长建立起一批革命的两面政权。并将津浦铁路东西两支回民武装合编为泰西回民基干大队，金晓邨任大队长，辖两个中队。

同时，遵上级命令，军分区将肥城、平阴独立营补充教三旅九团。陕北营调走，军分区又以泰安（西）县独立营为主改编基干营。各县又将独立营重新建立和健全起来。

春天，粉碎日伪第一次"治安强化运动"，黄白莹、许国、李正华等壮烈牺牲3月至4月，日伪推行第一次"治安强化运动"，主要是强化乡村"自卫"力量，建立反共自卫团和保甲制，清查户口，实行"良民证"，扩大伪治安军等。

"治安强化运动"，是日伪"治安肃正"的进一步发展，"总力战"的进一步实施，"三分军事、七分政治"的进一步运用。日军把华北敌占区、游击区、根据地划分为"治安区"、"淮治安区"、"非治安区"，并分别采用"清乡"、"蚕食"、"扫荡"等手段，忘图强治实行法西斯统治。盘踞在泰西地区的日伪军，加紧建立各级伪政权，不断增设据点，挖封锁沟，筑封锁墙。

地委指示各县积极开展对敌斗争。3月，驻泰安城日伪"剿共"司令路文炳到城西各伪军据点巡视。崔子明带武工队在河东上章村将路文炳俘获，政策攻心后放走。之后又约路文炳见面，为其指出3条：一是当伪军大规模"扫荡"时，要及时给县敌工部送情报，二是给县抗日部队购买部分子弹；三是要教育下属不残害群众，并掩护抗日干部、家属。路文炳答应了上述条件，对当时的抗日斗争起到了一定作用。

长清县敌工干部从社会各方面以至敌据点、伪区乡政权人员中，联络确定做敌工工作的人员，密切注视日伪活动情况，及时提供准确的情报，秘密开展斗争。当伪山东省政府派出的佟专员带领一班爪牙到潘店，以"宣抚"为名向群众摊派粮款、敲诈民财时，打入伪十区任副区长的中共党员张汉民等，便借用伪山东省第一警备旅旅长兼长清县县长冯寿彭的名义，利用冯与佟之间的矛盾，到伪山东省法院诉讼佟专员之劣行，迫使其对佟判刑3年，取得了以敌制敌斗争的胜利。泰安（西）县独立营在道朗伏击日伪军，大获战果。

3月12日，地委、专署机关在莲花峪（今属肥城市孙伯乡）遭泰安、肥城、宁阳、东平、汶上等地日伪军的合击。在突围战斗中，地委宣传部长黄白莹、专署总务科长房伟等13人不幸牺牲。黄白莹任地委宣传部长期间，为泰西地区的宣传工作做出了重要贡献，地委为黄白莹等召开了追悼会。

4月15日，宁阳县工委书记许国及县组织部长李克胜被敌包围在田家东史村（今属肥城）。许国在突围时，因子弹打光而与敌肉搏，被敌枪杀，时方22岁。伪军队长邵珠玉残无人道地铡下许国的头颅，高悬于宁阳城门之上。鲁西区党委得悉后，发出"警字一号通知"，通报了许国牺牲经过，并告诫全党提高警惕。4月22日，泰安（西）县独立营营长李正华在开会返回途中，被包围在宋家庄，为不连累群众，带通讯员持枪冲出，不幸被敌人的机枪射中而殉职，李正华牺牲后，泰安（西）县政府曾将布山命名为正华山。

5月地委贯彻分局、区党委指示，布置反"蚕食"、反"扫荡"工作5月下旬，山东分局、北方局先后发出对鲁西工作的指示，指出：鲁西发展的方针，是加强运西中心区巩固泰西与鲁西北，开展运东工作，打通与鲁西南的联系，鲁西区党委据此制订了具体方针和措施，同时指出由于泰西战略地位重要，"在鲁西范围内，泰西首先进入艰苦的阶段"。泰西地委认真贯彻上级指示，结合泰西实际情况，确定了一系列工作任务，主要内容有：扩大与巩固地方武装，从县独立营抽调精干武装充实军分区力量，在群众中开展民主民生斗争；坚决建立健全"三三制"民主政权，改造村、乡、区政权；切实进行党的巩固与审查工作；加强财政建设。对接敌区的工作方针是：一方面加强武装斗争，一方面教育接近敌区人民群众采取革命的两面政策去对付敌人。泰安（西）县敌工部夜袭了李家庄伪警察所，将敌全部俘获。还拔掉了津浦铁路上的常庄桥碉堡，受到上级嘉奖。

本月，伪山东省长唐仰杜到东阿视察，看到根据地在蓬勃发展，受到很大震惊，决定对平阿山区等地进行大规模"扫荡"，泰西地委得悉情报后，立即召开会议，研究斗争策略，做好应急准备。平阴县委在白雁泉召开会议，决定立即建立情报站、堡垒户；县委、县政府机关和县大队马上转移出去，各区队和区干部留下坚持斗争。地委对部分县委负责人进行了调整。各县抓紧做好反"扫荡"、反"蚕食"斗争的准备工作，坚壁清野，挖地洞。

6月至9月日伪军大举"清剿"泰西抗日根据地，地委转变斗争形式，实施战略转移，顽强坚持斗争随着国内外形势的变化，日伪军对抗日军民进行空前残酷的大"扫荡"。自6月18日至9月18日，日伪军大举"清剿"泰西抗日根据地，泰西对敌斗争形势发生重大变化。

6月18日，日军集中泰安、济南、长清、平阴、东阿、汶上、宁阳、肥城等县之敌5000余人，采取"拉网合围"和"步步为营"等所谓"堡垒战"新战术，首先向平阿山区抗日根据地发动"清剿"。东平县委机关及第五营和平阴县委机关及第四营于18日、19日与日伪军交火，两个县的党政军人员被迫退至油篓寨西的刘庄一带，形势危急。在紧要关头，军分区工作组的负责人尚守义等立即召集五营政委强仁普、四营党总支书记田化一等开紧急会议，决定向西实施突围，20日，经顽强战斗，接连拔除凤凰山、王古店等据点，毙伤伪军一个多排，胜利突围，渡过运河，转移到昆山根据地。日伪军大规模"扫荡"平阿山区之后，大量安据点，修碉堡。在严酷的斗争中，有少数人丧失了革命气节，平阴县委副书记于驿东等先后降敌，给平阿党组织造成严重损失。不久，地委派谷扩如任平阴县委书记，张长庚任组织部长。

7月1日，冀鲁豫与鲁西两区合并为冀鲁豫区党委，泰西地委改为冀鲁豫区党委第一地委。7月下旬，日军纠合汉奸石友三部及泰安、宁阳、肥城等十几县的日伪军万余人，开始对泰肥山抗日根据地进行大规模"清剿"。24日，泰西地委、专署、军分区被迫在肥城县虎门一带与敌激战一天，趁夜幕冒雨突出重围，转移到张（庄）袁庄，后到大峰山区活动。地委分析了虎门突围后的形势，为保护革命力量，坚持对敌斗争，确定了对敌斗争方针是由公开的抗日根据地变为秘密根据地。策略为；在组织上实行精干隐蔽政策，加强敌伪工作，对敌人进行"合法"斗争，做好统战工作，掌握两面政权，积极开展武装斗争。     

在形式上，以小型为主，灵活多样，有时搞些大的行动，以扩大党的影响，坚定群众的抗日信心。同时，打击最坏的区，乡村伪政权和作恶多端的汉奸、特务以及叛徒变节分子。此后，地委、专署、军分区机关及大部分县、区武装和地方干部，转移到黄河以西长清县野鹊窝一带，留下少数干部、武装依靠群众就地坚持斗争。

日伪军在泰肥山区烧杀抢掠，奸淫妇女，密设据点，泰安（西）县敌伪据点达36个，肥城县亦有35个。各据点之敌向群众勒索自抗战以来5年之田赋，致使群众生活雪上加霜，仅泰安（西）县就损失一亿元（法币）左右。长清敌人设据点50多个，敌人抓丁充当伪军，扩大伪政权，发放"良民证"，实行经济、政治、文化等封锁。为加强肥城县对敌斗争领导力量，地委派张立信任肥城县委书记。

8月10日起，敌再次集中大量日伪军，大规模"清剿"大峰山抗日根据地。日伪军安据点，抓伕抢粮，"扫荡"、"清剿"，残酷杀害抗日军民，犯下累累罪行。长清县委带领全县军民同敌人进行了不屈不挠的斗争，曾在吴家渡等地伏击了日伪军。为便于开展斗争，泰西专署报经行署批准，将长清县以黄河为界，划分为两个县，黄河东为峰山县，黄河西为长清县（后峰山县改称长清县，长清县改称河西县）。地委决定尹笠夫任峰山县委书记，周海舟任长清县委书记。