泺源书院是清代山东最大的官办书院,后被改为官立山东大学堂(山东大学的前身)。匡源担任山长以来,以“得天下英才而教育之”为志,孜孜坎坎,扶持后进,引导学生树立远大志向。他常说:“读书而取科第乃分内事,必求所以重科第者,愿诸生更有进也。”旨在告诫学生,生当盛世,应明德静心,肩负起治理国家和百姓的重任,要不断提高思想境界和知识水平。
匡源讲学济南泺源书院历时17年,弟子多达3000多人。他的门生中不乏出息有作为的后起之秀,如潍坊县曹鸿勋、福山王懿荣、胶州柯劭忞等。除了担任泺源书院山长,匡源又应丁宝桢之聘担任尚志书院首任山长。身兼两院山长,这在泺源书院和尚志书院的历史上独一无二,惟匡源如此。
光绪七年(1881年),66岁的匡源病逝于济南泺源书院。