道教三清大殿中，通常供奉着神态庄严的三位尊神，这就是道教的最高神“三清”：即玉清元始天尊、上清灵宝天尊、太清道德天尊。其中位即为元始天尊。显示了其在最高神阶中的至尊地位。

“清”指道教中的三清境，即玉清、上清、太清，这三位神祇分别居住在三清境中，代表着不同的宇宙状态和哲学概念。

“元始天尊”，全称“玉清元始天尊”，也称元始天王，在“三清”之中位为最尊。《历代神仙通鉴》称其为“主持天界之祖”。因其生于混沌之前，太无之先，元气之始，故名“元始”。《初学记》卷二三引《太玄真一本际经》解释说：“无宗无上，而独能为万物之始，故名元始。《历代神仙通鉴》曰：“元者，本也。始者，初也，先天之气也。”认为元始是最初的本源，为一切神仙之上，故称“天尊”。

《道德经》第四十二章曰：“道生一，一生二，二生三，三生万物，万物负阴而抱阳，冲气以为和。”由无名大道化生混沌元气，由元气化生阴阳二气，阴阳之相和，生天下万物。第十四章又说：“视之不见名曰夷，听之不闻名曰希，搏之不得名曰微。此三者不可致诘，故混而为一”，认为一化为三，三合为一，“用则分三，本则常一”。后来道教以此衍化出居于三清胜境的三位尊神。

汉顺帝时(126—144)，张道陵于鹤鸣山(今四川大邑县境内)创立天师道，尊“太上老君”为最高神。后来寇谦之改革天师道，亦以“太上老君”为最高尊神，但已经出现了“道德天尊”的名称。以今所见，“三清”的名称最早始见于南梁陶弘景所撰的《真灵位业图》。该书排列神仙序位，分为七个层次，每一层设一个中位。第一中位，上合虚皇道君，号“元始天尊”。

陶弘景编定之《真灵位业图》称元始天尊位居三十六天的最上层“大罗天”中，所居仙府称为“玄都玉京”。道家认为，大罗天乃最高最广之天，是三清天之统称。据《九天生神章经》的“三元”思想，无疑已赋予三清天以无先、无上的意义，自然居于天界最高处。玉京之中，黄金铺地，玉石为阶，宫中有七宝、珍玉，仙王、仙公、仙卿、仙伯、仙大夫等居于中央和两旁的仙殿中，众神仙都要按时上玉清境朝拜元始天尊。

现今道教神仙主要有四大体系正统道教神系、民间信仰神系、上古神话神系、神魔小说神系。都是道教作为宗教形成后逐渐形成的。所以，元始天尊地位虽高，但记载却比太上老君要晚。

道教形成初期并无“元始天尊”的说法，《太平经》、《老子想尔注》等均无记载，在中国神话传说中，也无来历可寻。

魏晋至隋唐兴盛的“符箓三宗”（道教中的天师道和上清派、灵宝派）之一

上清派以《上清经》、《上清大洞真经》、《黄庭经》为主要经典，奉魏华存为开派祖师，以元始天尊、太上道君为最高神。上清派强调人体内精气神的修炼，重登斋入靖、存思诸神形象，不重炼外丹。信奉的最高尊神，是元始天王和太上大道君。修炼内容以存思、存神为主，即以精思凝想守护己身之神和存思与符录并重的合二为一的修持方法。

根据道书的记载：最早出现“元始”之名的是晋葛洪的《枕中书》，书中记载：混沌未开之前，有天地之精，号“元始天王”，游于其中。后二仪化分，元始天王居天中心之上，仰吸天气，俯饮地泉。又经数劫，与太元玉女通气结精，生天皇西王母，天皇生地皇，地皇生人皇，其后庖羲，神农皆苗裔也。并曰：“玄都玉京七宝山，在大罗之上，有上、中、下三宫。上宫是盘古真人元始天王、太元圣母所治。”此时，还只有元始天王的称呼。直到南朝时，梁陶弘景《真灵位业图》才始有“元始天尊”之号。该书第一阶中位神为“上台虚皇道君”，应号“元始天尊”，称“玉清境元始天尊”为主。但是书中又有一“元始天王”，列为第四中位左位第四神。《隋书·经籍志四》始予元始天尊以诸神特性，称他“生于太元之先”，“天尊之体，常存不灭，每到天地初开，授以秘道，谓开劫度人。然其开劫，非一度矣，故有延康、赤明、龙汉、开皇，是其年号，其问相距经四十亿万载，所度皆诸仙上品，有太上老君、太上丈人、天皇真人，五方五帝及诸仙官”。

据《历代神仙通鉴》记载，元始天尊“顶负圆光，身披七十二色”，故供奉在道教三清大殿中的元始天尊一般都头罩神光，手执黍珠，或者左手虚拈，右手虚捧，象征“天地未形，混沌未开，万物未生”时的“无极状态”和“混沌之时，阴阳未判”的第一大世纪，故以阳生阴降、昼短夜长的冬至日为元始天尊的圣诞。

上清派宗师出身江东士族，其尊奉的《上清经》，首先表达了独特的成仙思想，使上清派对道教的终极理念的阐释富有特色；其次其所构想的身中之神使上清派在一定程度上满足了人们自我拯救的需要。同时在客观上使上清派在道教向理论化方向发展的过程起到了积极的促进作用。

道经描述，元始天尊禀自然之气，存在于宇宙万物之前。他的本体常存不灭，即使天地全部毁灭，也丝毫影响不了他的存在。每当新的天地形成时，天尊就会降临人世间，传授秘道，开劫度人。