1938年10月，鲁西北特委决定撤销中共"河北特支"。组织委员吴力践到长清县委工作，书记孟若玄调省委。河西地区党组织直接归长清县委领导。同年11月，长清县抗日动员委员会（简称动委会）在赵官镇北吕官屯成立，张耀南任主任，石仲白任副主任，吴力践、崔健、周海舟、孟可铭、张仁卿为委员。动委会下设办公室、组织部、宣传部。尔后，各区相继建立动委会，动委会在动员参军、组织群众团体、发动群众抗战等方面做了大量卓有成效的作。动委会成立后，县区教联会便结束工作，由动委会取代。

1938年冬季，顽军冯寿朋部肖建九团进驻吴庄（马集乡），后到韩庄逮捕肥九区党的负责人郑庆堂及工作人员王鲁波等4人。县委曾派人要求肖建九部放人，肖建九不但不放人，还将郑庆堂杀害。为打击肖建九的反共气器，八路军肖华东进抗日挺进纵队在马集吴庄一带全歼顽军肖建九团，俘敌400余人。不久，又将枣杨庄一带与八路军作对的赵传晋红枪会打散。同时期，平原纵队一部包围潘店西小杨庄，将土顽蒋玉河部全部俘获，将团长蒋玉河枪决。在河西地区清除顽军肖建九部和蒋玉河部，打散赵传晋红枪会，对于河西抗日根据地的建立具有重要意义，使日军失去了在这一地区站住脚的社会基础，尽管日军后来进行大规模扫荡，但扫荡过后河西地区还是八路军的天下。

同年12月成立潘（店）南党支部，周长青任书记，李彩亭任副书记。1939年初，成立潘（店）北党支部，李祥任书记，吴欣斋任副书记。春，在辛店屯（仁里集镇）成立九区二镇中心党支部，王道俭任书记，王作舟任副书记。

1939年初，中共长清县委决定，成立五区区分委和八区区委。五区区分委负责九、十两个区的党务工作，王少游（王庆行）任书记，吴雨农任八区区委书记。1939年春，肥城九区（马集）划归长清县，改编为长清县第十二区，习惯仍称肥九区，朱迪（潘占红，潘自范，马集乡潘庄人）任区委书记。7月下旬，五区分委书记王少游在潘店朱庄开展工作时，与"扫荡"日军遭遇，在突围中壮烈牺牲，李祥接任书记。9月，五区分委管辖的九、十两区分开，九区区委书记孔赤光，十区区委书记李祥。各区委对外以"动委会"的名义活动。

1939年2月，日军占领潘店后修据点，并建立伪区政权，我党选派优秀共产党员张汉民（张景霄，潘店西街人）打入日伪内部，先充任日伪办的潘店高小校长，继而取得伪副区长、区长身份，成为河西县委的重要情报内线，送出许多重要情报。他在抗战胜利前夕被日军暗杀，成为著名烈士。

同年春季，长清县委在黄河西八区东水坡村（现属赵官镇），开办了长清抗日军政干部学校。学员为各乡的村干部和青年积极分子，半月一期，每期四、五计人，学习党的政策、新民主主义革命理论、军事游击战、文化课等。先后由孟可铭、张仁卿、袁术、李光平、张海平、李玉兹主办，共办了十余期，为河西县基层抗日政权的建立培养了领导骨干。

同年夏季，长清县委按照鲁西北特委的安排，在辛店屯建立了鲁东南至鲁西北的秘密联络站，对外是同济诊疗所。李祥为联络站负责人，成员有王作舟、吴欣斋  ( 张干青）。李祥是中医大夫，其他人为护士、勤杂工，边看病边进行党的联络工作。同年7月，按照中央政治局《关于巩固党的决定》的精神，河西五区分委在黄河西董庄、吴集、段庄、刘庄一带举办两期党员训练班，由王少游、张洁泉、孔赤光、张秋民、朱生等人以县委油印的《支部生活》为教材讲课，此后，其他各区陆续举办了党训班，使区村党组织在思想上、政治上、组织上得到了进一步巩固和加强。

同年10月，长清县委书记崔健与县委统战部长孟可铭到黄河西组建河西工委。在桑海子村（现属仁里集镇）召开了八、九、十、肥九区区委书记会议，宣布建立中共长清县委河西工作委员会（简称中共河西工委）,对外称河西工作队。当时，宣布孟可铭任工委书记，吴雨农、李祥任副书记，李祥兼任组织部长，孔赤光任宣传部长，顾汝桥任民运部长（因孟可铭未到职，由副书记吴雨农主持工委工作）。年底，吴雨农改任书记。河西工委隶属泰西地委、长清县委领导，辖八、九、十、肥九区四个区委。胡晓农任八区区委书记，孔赤光任九区区委书记，朱生任十区区委书记，朱迪任肥九区区委书记。

同年6月12日，在长清崮头县立第八高级小学召开了全县各界代表大会，选举张耀南为长清县县长。县政府下设秘书室、民政科、财政科、文教科，后增设手枪队、县政府工作队、建设科、司法科。不久，建立了各区区公所。黄河西八、九、十、肥区隶属长清县抗日民主政府领导。8月，为了加强对黄河西八、九、十、肥九区4个区的领导，经长清县委、县政府研究，报请上级批准，在赵官镇大码头村成立了长清县抗日民主政府河西办事处。曹鲁光（赵仲鸣）任主任，李德斌任副主任。河西办事处成立后，根据长清县委、县政府的指示，八、九、十区和肥九区组织各区各界人士，民主选举产生了各区抗日区公所区长。李正当选为八区区长，刘江当选为九区区长，李采庭当选为十区区长，潘建三当选为肥九区区长。同年冬，成立了长清县河西青年分会，董栋（曹千里）任主任。

1939年初，在河西地区建立的抗日武装长齐禹边区人民抗日自卫团、31支队和九区抗日游击队编入八路军正规部队后，八、九、十和肥九区都相继建立了区队武装。长清县独立营和八路军正规部队也经常在这一带活动。1939年初，张耀南带领十几个人从长清河东来到河西，成立承安工作团，后发展到七、八十人的队伍，便改为八路军115师大峰山武装工作团。峰山武装工作团组织河西各区乡成立抗日自卫队，自卫队盘查铲除汉奸，站岗放哨，传递情报，发挥了很大作用。同年3月20日，峰山武装工作团在崔桥（现属赵官镇）群众的配合下伏击进犯河西的日军小队，打死小队长宫板等7人。

25日晨，日军疯狂报复，火烧崔桥房屋1000余间。同年秋，长清八区区队在蛇窝村伏击一小股日伪军，缴获轻机枪一挺、步枪3支、子弹500余发，取得了区小队独自打漂亮胜仗的先例。到1939年底，长清县河西地区不但建立了党的区、村党组织，还建立了党领导下的区、乡、村政权，以及区队武装，建立了区、乡、村农会、青救会、工会（文教）、妇救会、儿童团五大团体。在党组织的领导下，河西地区群众普遍组织起来投入抗日活动，此时，日军在潘店、仁里集、赵官镇安了三个据点，河西大部地区都在共产党控制之下。党领导的群众抗日运动的兴起，标志着河西抗日根据地的初步形成。