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一九三九年，侯筱章任八路军山东纵队六支队政治指导员，同年底，任肥城县独立营总支书记。一九四○年五月任峰山独立营总支书记。

一九四0年三月，徐向前（山西五台人，一九五五年被授予中国人民解放军元帅军衔）将从山东到延安去，途径肥城，侯筱章带领二连担负护送其过肥城的任务。

当时侯筱章身体不好，徐向前劝阻侯筱章不必再送，侯筱章坚决不依，说：“护送首长，这是党的任务，我无论怎样都要亲自护送首长安全转移。”在护送的路上，徐向前向侯筱章询问了肥城独立营武装力量的发展到党的建设、以及战士们的思想状况到物质生活等方面的问题，并亲切地对侯筱章说：“你们是新部队，党员又新、又少，要巩固扩大部队；要大力发展党员，要加强政治思想工作，特别是对党员干部的教育。要把党支部建设成战斗堡垒，让党员个个都能起到模范带头作用，这样，你们这支部队才更有坚强的战斗力。”他接着又讲到：“要加强对党外人士团结、教育工作，要争取他们加入我们的队伍中来，不断发展壮大我们的组织。”

一九四○年五月，中共党组织为巩固、发展和扩大大峰山抗日根据地，侯筱章与安铮（河南商丘人，一九四一年七月二十五日牺牲，遗骨安葬大峰山烈士陵园）并宋畔池（山东乐陵人，解放后曾任中共上海粮食储运公司党委书记等职）奉命调往长清地区工作，担任长清县独立营总支书记，后任教导员。

一九四一年九月，中共党组织决定建立峰山县，（长清县为现在齐河县）侯筱章临危受命担任峰山县大队政委，一九四二年接任中共峰山县委书记并兼峰山县大队政委；一九四三年十月，任泰西地委工委委员，仍担任中共峰山县委书记兼峰山县大队政委。

大峰山抗日根据地主要有四个山区组成：一是大峰山区，包括马岭庄、岚峪、黄崖、五眼井；二是马山山区，包括马东、马西、关王庙、崮头、宓村铺；三是五峰山区，包括张夏、崮山、皇姑井，直至白马山，并自崮山往北绵延现在的七里山和英雄山；四是万德西峪黄山山区，包括万德、石胡同、茂山。

大峰山抗日根据地位于泰山西部，其显明特色是全国唯一能够植根于日军卧榻省城之侧的抗日根据地，北面和西面是黄河，东面是津浦铁路，南面与肥城、平阴、泰安三县毗邻；自大峰山抗日根据地往东直接制约济南和津浦铁路线之敌人，往北往西连接鲁西和豫东抗日根据地，往南与鲁南、沂蒙山区抗日根据地相呼应；大峰山抗日根据地不仅是东西交通的枢纽，亦是冀鲁豫军区、中共冀鲁豫边区党委、山东军区和中共山东分局联系的重要枢纽和纽带。

山东军区并中共山东分局，到太行山八路军总部、到延安或者从延安和太行山往来的学习或者开会的中共党政军领导干部或者工作人员，大峰山抗日根据地是必经的通过之路。后来护送往来于大峰山抗日根据地中共党政军重要领导干部或者重要工作人员，已成为中共峰山县委非常关注的特殊任务。一九四二年冬，是由侯筱章政委带着一个连护送江华（湖南江华人，瑶族。解放后曾任最高人民法院院长等职）由鲁中去鲁西；并护送八路军四百余名营职以上干部由鲁中经过峰山县境到延安学习；一九四四年下旬，舒同（江西东乡人，解放后曾任中共山东省委书记等职）在葛家河大桥下由峰山县大队两个连护送并有马匹通过的。因此，大峰山抗日根据地的战略位置十分显赫。

大峰山抗日根据地是中共党组织领导的泰西抗日根据地的重要组成部分，被称为“长清的延安”。解放后的上世纪七十年代八大军区中有四位司令员出自大峰山抗日根据地，有七位中共省委书记在大峰山抗日根据地战斗过。侯筱章就是在泰西并大峰山抗日根据地与万里（山东东平人，解放后曾任全国人大常委会委员长等职）结下了非常深厚的革命友情。  

侯筱章在大峰山抗日根据地工作战斗时期，正是中国抗日战争最艰苦的相持阶段。日寇疯狂地推行五次“强化治安”运动，泰肥、平阿两块根据地相继失守，到一九四一年底，泰西地区只剩下“一枪就可以打透”的大峰山根据地。日寇更猖狂地向大峰山抗日根据地扫荡、进攻，采取“以铁路为柱、以公路为链、以碉堡为锁”的“铁壁合围”战术，对于大峰山区人民群众实行杀光、烧光、抢光的“三光”政策，使大峰山抗日根据地的抗日斗争进入了最艰难的岁月。

这期间，在中共党组织的一元化领导下，侯筱章带领峰山县军民，为坚持抗日斗争，保卫大峰山抗日根据地，贡献了他的全部智慧和力量。血与火的战斗历程，记下了侯筱章大智大勇、坚定顽强和奋斗不息的光辉业绩。侯筱章的一生恰如张澄秋（山东长清人，时任峰山县县长，解放后曾任浙江省人委副秘书长等职）对他的评价：“对敌狠，对己和，沉着冷静，足智多谋，指挥有方，英勇善战。”自一九四0年五月至一九四四年十月，峰山县的武装部队在泰西地区七个县（峰山、长清、平阴、肥城、泰安、宁阳、东平）中，无论其战斗力还是武装力量都是最强和最多的一个县（四个基干连、八个区中队、一个青年抗日游击队、一个武装工作队，一千二百多人），是泰西地区有名的抗日武装部队。

当时的中共峰山县委县政府及其区委区政府领导成员：县委书记侯筱章，县长张澄秋，副书记兼组织部部长张立信，宣传部部长孟庆华（后董文江接任），民运部部长宋鲁峰，公安局局长石蛎山，武委会主任田维，妇救会主任孟叶鸣。敌工部辖八个敌工分站：敌工部部长范辉。敌工一分站站长王级三（后张令田接任）；二分站站长李振清（后任四分站站长）；三分站站长王晋生（后高国璋接任）；五分站站长张骥；六分站站长李洛夫；七分站站长高国璋；八分站站长张子元。一区区委书记吕子洲，区长张振华；二区区委书记田子全、杜志浩；副书记唐俊亭、房玉，区长李文东、刘瑞芝；三区区委书记董文江、副书记樊浩然，区长李盘石、刘强、裴茂臣；四区区委书记董鲁展（曾任四区区委书记），区长陈捷生、蔡伯衡；五区区委书记高逢五（曾任一区区委书记）、赵俊卿，区长王云阶、王化民；六区区委书记杨志、副书记李洛夫，区长明朋；七区区委书记董炳宇（李广），区长李振清、吴佑亭、孙清萍；八区区委书记张志健、肖安农，区长张元昌、董强；九区区委书记高国璋；十区区委书记张振峰。像这样的英雄人物还有很多，他们为了祖国不怕牺牲，顽强抗日，书写了一部部英雄的不朽篇章。

抗日英雄先辈们，祖国今天的安宁之日是你们用鲜血换来的，你们的精神值得我们后代人学习、赞扬！作为生活在和平年代的我们，一定不会忘记国耻，铭记日寇侵略我们的历史。为国争光就是我们丝毫不能推卸的责任！先烈英勇无畏，精神永存，我们铭记历史，砥砺前行，共创美好未来。英烈忠义传万代，后辈敬仰永记心，革命精神不敢忘，振国兴邦抒豪情。 先烈们英勇奋斗，铸就了祖国的辉煌，我们后人要继承遗志，把中国建设得更好。