马树山事件中的司法程序正义被侵犯主要表现在以下几个方面：

程序违法：在马树山举报县委书记的案件中，迁西县委办公室无权报案，迁西县公安局、检察院无权擅自认定诬告陷害是否存在。这违反了法定的程序，属于越权行为，也是对程序正义的侵犯。

证据问题：马树山举报县委书记的行为，在没有恶劣的社会影响的情况下，如果没有确凿的证据，基本上是民不告官不究的。然而，在马树山被提起公诉的过程中，没有公开有关证据以及法律解释，这也是对程序正义的一种侵犯。

异地审理的诉求：马树山及其家人提出的另一个诉求是案件异地审理。这源于对当地司法公正性的疑虑和对当事人权益的保护。在现有的司法体系下，异地审理能够更好地保证案件的公正性和当事人的合法权益，这也是对程序正义的一种追求。

取保候审的决定：马树山在取保候审后，检察院以“不存在犯罪事实”为由，撤回了对马树山的起诉。这是对程序正义的一种维护，也是对马树山权益的一种保护。

综上，马树山事件中的司法程序正义被侵犯主要表现在程序违法、证据问题、异地审理的诉求以及取保候审的决定等方面。