《指南》包括八方面正文和三方面附录，对“山水工程”实施提出了总体要求，明确了保护修复原则和一般规定，并对“山水工程”实施范围和期限、工程建设内容及自然生态空间保护修复、技术流程、监测评估和适应性管理、工程管理等，有针对性地提出了具体要求。

《指南》明确，“山水工程”实施要全面贯彻落实习近平生态文明思想，坚持人与自然和谐共生基本方略，坚持节约优先、保护优先、自然恢复为主的方针。遵循自然生态系统的整体性、系统性、动态性及其内在规律，用基于自然的解决方案，综合运用科学、法律、政策、经济和公众参与等手段，统筹整合项目和资金，采取工程、技术、生物等多种措施，对山水林田湖草等各类自然生态要素进行保护和修复，实现国土空间格局优化，提高社会—经济—自然复合生态系统弹性，全面提升国家和区域生态安全屏障质量，促进生态系统良性循环和永续利用。

《指南》提出，实施“山水工程”要遵循五方面保护修复原则，即生态优先、绿色发展，自然恢复为主、人工修复为辅，统筹规划、综合治理，问题导向、科学修复，经济合理、效益综合，并提出要落实国土空间用途管制要求等七方面的一般规定。同时《指南》还明确了自然生态空间及涉及乡村、城镇空间生态保护修复的要求。

据悉，2016年~2018年，经国务院批复同意，财政部、原国土资源部、原环境保护部共同组织实施了3批25个“山水工程”试点。《指南》在总结试点实践经验教训的基础上，充分吸收借鉴国内外生态保护修复先进理念与相关标准、案例经验，广纳各方建议，经过多轮编制修改完善。

此外，《指南》既适用于中央财政支持的山水林田湖草生态保护修复工程，也适用于地方自行开展的各类生态保护修复工程，旨在推动山水林田湖草整体保护、系统修复、综合治理。